Die Europa-Universität Flensburg wird durch den Präsidenten Prof. Dr. Werner Reinhart geleitet. Ihm zur Seite stehen drei Vizepräsident*innen und die Kanzlerin. Zusammen bilden sie das Präsidium, welches durch diverse Verwaltungs- und Stabsstellen themenspezifisch unterstützt wird. Lehre, Studium und Forschung finden in den 3 Fakultäten der Universität statt.