Studium der Energietechnik, danach Promotion und Habilitation an der TU Bergakademie Freiberg. Claudia Werner war anschließend am Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt e. V. tätig und lehrte an verschiedenen Hochschulen und Universitäten (Hochschule für Technik und Wirtschaft Berlin, Universität Hamburg, Carl von Ossietzky Universität Oldenburg). 

Seit 2019 ist Claudia Werner Professorin für Energiespeichersystemtechnik an der Hochschule Flensburg und lehrt in den Bereichen Energiespeichertechnik, Elektrochemische Energietechnik, Photovoltaik und Brennstoffzellen sowie Energie und Nachhaltigkeit.

Ihre Forschungsschwerpunkte liegen in der Energiesystemanalyse und Technikbewertung, den Energie- und Speicherkonzepten für mobile und stationäre Anwendungen, den Wasserstoff- und Brennstoffzellensystemen sowie in den Bereichen Kraft-Wärme-Kopplung und regenerative Energiesysteme.